תקופת מלחמת ששת הימים, יוני 1967

בתקופת ההמתנה פועלת היחידה באזור הר הנגב. בתחילת המלחמה פעלה היחידה בשני כוחות עיקריים

כוח אחד - שימש ככוח סיור של אוגדה 38 אוגדת שרון השתתף בקרב  אום כתף ונע עם האוגדה
כוח שני - נע בעקבות הדיוויזיה השישית הנסוגה מערבה עד נחל, כוח משנה נוסף כבש את האזור שעליו הוקם לימים מוצב טמפו.

בתום המלחמה הסתבר שגדוד קומנדו וגדוד פדאיון ברחו מהרצועה והסתננו דרך הדיונות, הוטל על הסיירת לאתר את כוחות אלו לטהר את השטח ולפגוע בכוחות לוחמים.
פעילות הסיירת לאורך כל תקופת המלחמה הייתה בפיקודו של בנימין בן אליעזר (פואד), זאת למרות שרשמית עמוס היה המפקד, הוא הטיל את המשימה לפיקוד במלחמה על סגנו. (עוד דוגמה של צניעות ואחריות של האיש).

לאחר המלחמה עזב עמוס את היחידה, בדברי הפרידה אמר "הלכתי בראשם של הבחורים הטובים ביותר בנוער היהודי", אלוף הפיקוד שייקה גביש אמר בדברי הפרידה "הקרבת מעל המשוער כדי להגן על גבולנו
ועל ביטחון ישבינו, צה"ל ומדינת ישראל לא ישכחו את אשר עשית למענם"
תם פרק בדרכה של סיירת שקד.